Јован Цвијић је, поред редовног наставног рада и увођења новина у наставни процес на Великој школи, касније Универзитету, интензивно радио на стварању научних сарадника у разним областима географије и сродних наука. Трудио се да око себе окупи што више научних радника из своје области.
Непрестано је пратио рад студената. Оне даровитије и вредније припремао је за рад у Географском заводу. Најпре би постављао мање задатке, а затим би их укључивао у рад свога Завода. Најбоље студенте запошљавао је у Београду. Даље би пратио да изабрани студенти по завршетку факултета, научно раде према његовим упутствима и под његовим надзором. Затим их је постављао за асистенте у Географском заводу, а касније их слао на постдипломске студије, већином у Беч.
Приликом обележавања тридесет пет година рада Јована Цвијића, један од његових најуспешнијих ученика, Петар С. Јовановић, написао је чланак у Зборнику радова, у којем је описао начин на који је Цвијић утицао на своје ученике:
Као наставник успева да улије љубав према науци великом броју својих ученика. Први сусрет с њим оставља трајан утисак. Одмах се осети нешто заједничко између њега и науке. Озбиљан, достојанствене природе, с почетка улива респект и осваја, а доцније све више и више везује, загрева и улива поштовање, љубав и оданост. У његовим предавањима огледа се научник, који поједина научна питања ради на свој сопствени начин. У тим приликама открива пред студентима цео свој начин мишљења, цео систем разрађивања, све док не дође до решења проблема… Увек има пред очима само успех науке. Не трпи ученике за које се увери да не раде или не раде довољно. Од ученика тражи све жртве, као што их сам подноси. Оцени ли да ђак има воље за рад и марљиво ради, посвећује му своју пажњу. Али, при том увек задржава такав тон из кога се осети, да још није доста, да треба још више и више радити. Организам је за то, да се на племенит начин искористи. Такве ученике узима себи и уводи их у храм науке.
Међу Цвијићевим студентима био је велики број научних радника. Они су радили на научним публикацијама, које је Цвијић основао и уређивао као што су Насеља и порекло становништва, Преглед географске литературе о Балканском полуострву и Гласник Географског друштва.
Од студената и асистената захтевао је усредсређеност на посао, нарочито током научних екскурзија. Једна од анегдота са Цвијићевих екскурзија са студентима и асистентима била је и екскурзија на Копаонику, а о којој су касније писали Цвијићеви студенти:
Једном је Цвијић водио студенте на Копаоник. И док се он на планину попео, јашући на брдском коњићу, дотле су студенти на њу изашли пешице. Кад су се сви искупили, Цвијић је одмах почео да објашњава постанак високих површи и повлачења Панонског мора. Студенти преморени од вишечасовног пешачења уз планину, поседали су по трави, а неки и полегали. Двојица од њих су се усудила да полугласно коментаришу професорово излагање: Видиш ли ти Перо, те површи? запита један од њих. Не, ја богами, одговори Црногорац, иначе честит човек и касније изврстан професор, Перо Шобајић. Цвијић паде у ватру, окрену се нагло младом доценту Јевту Дедијеру и оштро заповеди: Јевто, врати одмах ову групу лењиваца у Београд! Није било друге: Дедијер их је повео до најближе железничке станице, укрцао у воз за Београд и одмах се придружио Цвијићу у теренским истраживањима Копаоника. Како су се студенти провели касније, по повратку професора у Београд, то су само они знали.
Најуспешнији Цвијићеви ученици били су: Јован Ердељановић, етнолог, Павле Вујевић, географ и климатолог, Јевто Дедијер, антропогеограф, Боривоје Ж. Милојевић, геоморфолог и регионални географ, Петар С. Јовановић, геоморфолог, Војислав Радовановић, антропогеограф.