Током свог научног рада Јован Цвијић је објавио дела са око 10.640 страна.
-
1887. Прилог географкој терминологији нашој (Просветни гласник);
-
1889. Ка познавању крша Источне Србије (Просветни гласник);
-
1889. О генералштабној карти Србије (Коло);
-
1891. Средња висина и површина Србије и њених области (Геолошки анали Балканског полуострва);
-
1891. Планине на Балканском полуострву (Геолошки анали Балканског полуострва);
-
1891. Преконошка пећина (Геолошки анали Балканског полуострва);
-
1891. Девети скуп немачких географа (Просветни гласник);
-
1893. Das Karstphanomen. Versuch einer morfologischen Monographie (докторска дисертација, Geographische Abhandlungen);
-
1893. Данашње стање географске науке (Наставник);
-
1893. Географска испитивања у области Кучаја у Источној Србији (Геолошки анали Балканског полуострва);
-
1893. О српској географској терминологији (Геолошки анали Балканског полуострва);
-
1894. Прилози за познавање Јадранског приморја (Просветни гласни);
-
1894. Владимир Карић (из говора у Саборној цркви);
-
1894. Разна имена Балканског полуострва (Преглед географске литературе о Балканском полуострву);
-
Дело Константина Јиричека о Бугарској (Преглед географске литературе о Балканском полуострву;
-
1894. Хидрографске прилике и поплаве у Мачви (Преглед географске литературе о Балканском полуострву);
-
1894. Стари градови и рудници (Преглед географске литературе о Балканском полуострву);
-
1894. Метеоролошка и хидрографска проматрања у Босни (Преглед географске литературе о Балканском полуострву);
-
1894. О западним јужнословенским земљама (Преглед географске литературе о Балканском полуострву);
-
1894. Снимачки рад и главне карте: Ђенералне карте Краљевине Србије (Преглед географске литературе о Балканском полуострву);
-
1895. Карст. Географска монографија (Штампарија Краљевине Србије);
-
1895. Пећине и подземна хидрографија у Источној Србији (Глас Српске краљевске академије наука);
-
1895. О старим путописима (Преглед географске литературе о Балканском полуострву);
-
1895. Професор Тихомир Ђорђевић (Наставник, Преглед географске литературе о Балканском полуострву);
-
1896. Извори, тресаве и водопади у Источној Србији (Гласник Српске краљевске академије);
-
1897. Трагови старих глечера на Рили (Гласник Српске краљевске академије);
-
1899. Глацијалне и морфолошке студије о планинама Босне, Херцеговине и Црне Горе (Гласник Српске краљевске академије);
-
1900. Карсна поља Западне Босне и Херцеговине (Гласник Српске краљевске академије);
-
1901. Охридско језеро (Штампано у делу Основе за географију и геологију Македоније и Старе Србије);
-
1902. Структура и подела планина на Балканском полуострву (Гласник Српске краљевске академије);
-
1902. Геолошки атлас Македоније и Старе Србије (Српска краљевска академија);
-
1902. Језера Македоније, Старе Србије и Епира (Српска краљевска академија);
-
1902. Антропогеографски проблеми Балканског полуострва (Насеља српских земаља, књига 1);
-
1903. Нови резултати о глацијалној епоси Балканског полуострва (Глас Српске краљевске академије);
-
1906. Основе за географију и геологију Македоније и Старе Србије с проматрањима у јужној Бугарској, Тракији, суседним деловима Мале Азије, Тесалији, Епиру и северној Албанији (Посебно издање Српске краљевске академија, књига I);
-
1906. Централна балканска област и балканско територијално језгро;
-
1907. О националном раду;
-
1908. Значај Босне и Херцеговине за српски народ;
-
1909. Језерска пластика Шумадије (Глас Српске краљевске академије);
-
1910. О исељавању босанских Мухамеданаца;
-
1911. Карта Србије и Црне Горе (1:750 000, штампана и 1897. и 1898);
-
1912. Сува планина и карст Валожја (Гласник Српског географског друштва);
-
1912. Лелићки карст (Гласник Српског географског друштва);
-
1913. Ледено доба у Проклетијама и околним планинама (Глас Српске краљевске академије);
-
1913. Излазак Србије на Јадранско море;
-
1913. Ртањ (Гласник Српског географског друштва);
-
1914. Географски и културни положај Србије;;
-
1914. Психичке особине Шумадинаца;
-
1914. Преглед динарских екскурзија од 1897. до 1913. године и резултати о леденом добу у Проклетијама (Гласник Српског географског друштва);
-
1914. Трагови старих глечера у Србији (Гласник Српског географског друштва);
-
1914. Спуштање подземних токова у карсту и стварање нових, дубље положених пећина. Истоци под Девицом, код села Читлука (Проматрања 1893. и 1901);
-
1914. Пештер на југоистоку од Сјенице (Проматрања 1913. године);
-
1914. Хаџи Проданова пећина у селу Рашчићима код Ивањице (Проматрања 1913. године);
-
1914. Пећина Обод и извор Црнојевића Ријеке (Проматрања из 1901. године);
-
1914. Две пећине Ужичког краја. Пећине у Потпећи (Проматрања из 1913);
-
1914. Стопића пећина у Рожанству и Понор у Трнави (Проматрања 1909. и 1913);
-
1915. Јединство и психички типови динарских Јужних Словена (штампано крајем новембра 1914. у Нишу, као брошура у 200 примерака);
-
1916. Questions Balkaniques (Нешател);
-
1917. La Serbie et la France (Париз);
-
1918. La Peninsule Balkanique, geographie humaine (Париз);
-
1918. Принципи и погрешке о Србији (Просвета, алманах за 1918);
-
1919. Frontiere Septenrionale des Yougoslaves (Париз, информативни мемоар за Конференцију мира у Паризу);
-
1920. Границе и склоп наше земље (Гласник Српског географског друштва);
-
1921. Абразионе и флувијалне површи (Гласник Српског географског друштва);
-
1921. Конформни и инверсни рељеф, полигенетске долине, накалемњени меандри;
-
1921. Говори и чланци;
-
1922. Балканско полуострво и јужнословенске земље. Основе антропогеографије (Књига прва – Београд);
-
1922. Сеобе и етнички процеси у нашем народу;
-
1922. О основама јужнословенске цивилизације;
-
1922. Карта Краљевине Срба, Хрвата и Словенаца (1:500 000);
-
1922. Карта Краљевине Срба, Хрвата и Словенаца (1:1 200 000);
-
1924. Геоморфологија I (Државна штампарија Београд)
-
1925. Карст и човек (Гласник Географског друштва);
-
1926. Геоморфологија II (Државна штампарија Београд).