Јован Цвијић је током свог тридесетогодишњег педагошког и научног рада на Универзитету у Београду, имао прилике да учествује на бројним иностраним конгресима и конференцијама, попут оних у Бечу, Прагу, Риму, Берлину, Венецији, Напуљу и Женеви, затим да држи бројна предавања на тему физичке географије и антропогеографије, пише и објављује чланке и публикације у иностранству, израђује географске карте у научне сврхе, учествује на научним екскурзијама и присуствује значајним догађајима. У својим књигама, излагањима и географским картама представљао је податке, до тада непознате јавности, о планинама, пећинама, јамама, изворима, крашким пољима, језерским басенима, насељима и становницима балканских земаља, којe је интензивно посећивао и научно проматрао неколико деценија. Као резултат плодоносног научног рада добио је седамдесет признања у виду медаља, одликовања и диплома, додељених од стране бројних научних и културних установа у земљи и иностранству. Сам Цвијић сматрао је да није толико заслужан и да нема разлога да му се додељују признања, те је приликом доделе једног од одликовања упутио захвалност тадашњем министру просвете и црквених дела, Љубомиру Ковачевићу, следећим речима:
„Пре неколико дана паднемо у Цариброд и ту сазнам, да сам одликован таковским IV степена. То ме је обрадовало. Фала ти што си ме се сетио, и ако ја не мислим да сам толико урадио, да би ме већ требало декорисати“.
У Архиву Српске академије наука и уметности налази се документ у којем су набројана сва Цвијићева признања, и она су сврстана у неколико категорија: одликовања, медаље, научни избори и почасти.
Одликовања:
- Орден Светог Саве IV реда (2. фебруара 1900. године);
- Орден Светог Саве III реда (23. јула 1901. године);
- Орден Светог Саве II реда (8. септембра 1904. године);
- Данилов орден II реда са звездом додељен од стране црногорског књаза Николе (21. марта 1907. године);
- Велики официрски крст III степена, орден Светог Александра, додељен од стране бугарског краља Фердинанда (новембар 1909. године);
- Национални орден Commandeur Легије части, додељен од стране председника Француске републике (25. новембра 1911. године);
- Орден Белог орла V реда (4. децембра 1911. године);
- Велики официрски орден Белог лава додељен од стране председника Чекословачке републике (1925. године).
Међу одликовањима издваја се орден Светог Саве који се у Србији додељивао за заслуге у просвети, књижевности, цркви и лепим уметностима. Установљен је у Краљевини Србији 1883. године за време владавине краља Милана Обреновића. Цвијићу је било веома драго и одличје добијено од председника Француске, орден Легије части, који су однели припадници аустроугарске војске приликом пустошења зграде Географског завода у Београду за време Првог светског рата. Осим признатог француског одличја, српски научник био је носилац и одликовања Велики официрски крст II степена, орден Светог Александра, који му је доделио бугарски краљ Фердинанд, након заједничке научне екскурзије, реализоване 1909. године на Копаонику.
Медаље:
- Медаља „Gouthiot (Europe)“ додељена од стране Географско комерцијалног друштва у Паризу, у Француској (30. децембра 1919. године);
- Златна патронска медаља, медаља краља Велике Британије, додељена од стране Краљевског географског друштва у Лондону (3. маја 1920. године);
- Медаља ослобођења додељена од стране ректора Карловог универзитета у Прагу, у Чешкој (22. марта 1922. године);
- Златна медаља „The Cullum Geographical Gold Medal“ додељена од стране Америчког географског друштва у Њујорку (14. маја 1924. године).
Краљевско географско друштво у Лондону сваке године од 1831. године додељује медаље и признања за научни допринос у пољу географије, педагошког рада и презентовања рада. Од 1839. године Друштво додељује награђенима златне медаље. Краљевско географско друштво доделило је ово признање Цвијићу због његових многобројних и јако цењених дела из географије Балканских држава и других делова Европе. Свечана додела медаља уприличена је на годишњој скупштини Друштва, 31. маја 1920. године. Цвијић није могао присуствовати овој свечаности, али је признање примио тадашњи амбасадор Србије у Лондону, Михаило Гавриловић. Цвијић је био једини међу нaграђенима који није био Британац. Том приликом је др Давид Хогарт, каснији председник Друштва, казао да Друштво указује Цвијићу почаст због његових истраживања Балканског полуострва и јер је скоро сваку грану географије учинио својом. Данас се у Архиву Краљевског географског друштва налазе Цвијићева дела од докторске дисертације „Карст. Географска монографија“ и других раних научних радова које је Цвијић радио у коауторству са професором Пенком. Такође, Архив Краљевског географског друштва располаже и са бројним Цвијићевим радовима, објављиваним у светским научним часописима, затим научникове географске карте и фотографије.
Међу најзначајнијим одликовањима јесте Златна медаља „The Cullum Geographical Gold Medal“ Америчког географског друштва, која је изузетно вредна с обзиром на чињеницу да је израђена од чистог злата. Установљена је 1896. године и за сто двадесет осам година колико постоји додељена је седамдесет једном научнику. Поред Цвијића, међу награђенима су Роберт Пери, истраживач Арктика, Британска експедиција на Еверест, затим чланови посаде Аполо 11 који су слетели на Месец, француски научник Емануел де Мартон, амерички научник Даглас Џонсон и други. На наличју медаље је лик младића који стоји на чамцу и баца весла угледајући копно што симболизује предузимљивост и дух истраживања, док се на предњој страни налази женска фигура, Колумбија, чија је лева рука ослоњена на глoбус, а у десној руци држи ловоров венац, испод које се налази табла на којој је исписано дотигнуће научника, добитника овог признања. На медаљи која је додељена Цвијићу исписано је следеће: за објављене радове о географији балканских земаља и за оригиналност теренских студија о сложеној физиографији краса. Медаљи је претходила сарадња са америчким научницима, пре свега, са Ајзајом Боуменом, некадашњим председником Америчког географског друштва и шефом за територијална питања америчке делегације на Конференцији мира у Паризу. Јован Цвијић је за потребе Америчког географског друштва урадио етнографску карту Европе и етнографску карту Балканског полуострва у размери 1:3 000 000. Осим карти, објављивао је и радове у америчким часописима. Радови под називима „The geographical distribution of the Balkan people“ и „The zones of civilization of the Balkan peninsula“ објављени су у часопису „The Geographical Review“, часопису који и данас излази, а који се дистрибуира претплатницима, географима, факултетима и универзитетима и свим заинтересованима за теме из области географије, историје и економије. О oдлуци о додели признања, Цвијића је обавестио председник Друштва, Ајзаја Боумен. Свечана додела медаље уприличена је 23. августа 1924. године у посланству Сједињених америчких држава у Београду. Том приликом, амерички амбасадор је казао да је медаља најстарија и најистакнутија у Сједињеним америчким државама и да се додељује само за велике подвиге у испитивањима на терену и за оригинална научна дела која су од епохалне вредности за међународну географску науку. Примивши признање, Јован Цвијић је изразио захвалност рекавши да за своје научне радове дугује велику захвалност и појединим америчким научницима и институцијама. Овој свечаности присуствовали су и тадашњи министар просвете, др Антон Корошец, и ректор Универзитета у Београду, Богдан Гавриловић. Данас се у архиву Америчког географског друштва налазе архивска документа, преписка између Цвијића и Боумана, географске карте и поједина Цвијићева дела, док се у холу здања установе која се бави промоцијом географије у привреди, управи, науци и образовању, налази пано на којем су исписана имена овог престижног признања, међу којима је и Цвијићево име.
Чланства у академијама наука:
- Дописни члан Српске краљевске академије наука (5. фебруара 1895. године);
- Редовни члан Српске краљевске академије наука (4. фебруара 1899. године);
- Дописни члан Југословенске академије знаности и уметности у Загребу (10. децембра 1903. године);
- Дописни члан Академије наука, писма и уметности у Италији (1. септембра 1904. године);
- Почасни члан Краљевско чешког друштва наука у Прагу (7. јануара 1920. године).
Због изванредних научних резултата Цвијић је постао и члан наше најзначајније научне установе, Српске академије наука и уметности (тадашње Српске краљевске академије наука). За дописног члана Академије именован је само две године након завршетка докторских студија. Редовни члан постао је са 34 године. На свечаном скупу који је приредила Српска краљевска академија, 2. јануара 1900. године, прочитао је своју приступну академску беседу под називом „О структури и подели планина на Балканском полуострву“. За редовног члана именован је истовремено када и још један значајан српски научник, математичар, Михаило Петровић Алас. У оквиру рада Академије покренуо је истраживање насеља и порекла становништва, те је у периоду од 1902. до 1927. године Академија објавила двадесет и четири књиге посвећене тој тематици. Цвијићеви многобројни и најважнији радови објављени су у Гласнику Српске краљевске академије. Две године обављао је функцију секретара, а од 1921. године и фунцију председника Академије, коју је обављао до краја живота, 1927. године. Цвијићевим личним залагањем Српска краљевска академија наставила је свој успешан рад након Првог светског рата.
Почасни докторати:
- Редовни професор физичке географије на Карловом универзитету у Прагу, у Чешкој (септембар 1903. године).
- Почасни доктор Филозофског факултета Универзитета Сорбона у Паризу, у Француској (13. марта 1924. године).
Након десетогодишњег научног и педагошког рада у Београду, Јовану Цвијићу је указана част, тиме што га је у септембру 1903. године Министарство културе и просвете у Бечу именовало за редовног професора физичке географије на Карловом универзитету у Прагу. Уз именовање, Министарство у Бечу послало је Цвијићу одлуку о износу плате од 10.500 круна, са могућношћу добијања субвенција за научне и ђачке екскурзије. Међутим, Цвијић је одлучио да остане у Београду, али је приликом свог научног и педагошког рада увек интензивно сарађивао са чешким научницима. Посебно се издваја име професора Јиржи Данеша, који се, такође бавио физичком географијом и проучавањем крашког рељефа. Са чешким научницима Цвијић је реализовао и поједине научне екскурзије као што је била екскурзија на Проклетије и у западне делове Балканског полуострва. Цвијић се трудио да преко америчких сарадника обезбеди професору Данешу субвенције за научне екскурзије у Сједињеним америчким државама (Кентаки, Нови Мексико, Вирџинија и Индијана). Професор Данеш је први написао биографију о Јовану Цвијићу, која је објављена у педесет четвртом издању публикације „Земља и људи“ на чешком језику, а презентована на Првом конгресу словенских географа и етнографа, одржаном у Прагу 1924. године. Преведена је на српски језик три године касније, након Цвијићеве смрти.
На најпрестижнијем светском универзитету, Универзитету Сорбона у Паризу, Јован Цвијиће је држао предавања током Првог светског рата захваљујући споразуму потписаном између Француске и Србије, на основу којег је омогућен пријем иностраних професора и студената. Цвијића су као гостујућег професора на Париском универзитету предложили еминентни француски научници и професори, Пол Видал де ла Блаш и Луј Лијард, тадашњи проректор Универзитета. Првобитна замисао била је да Цвијић предаје физичку географију. Међутим чести ратови на Балкану и Европи преусмерили су Цвијићева предавања на тему његових истраживања становништва и насеља балканских држава, као и ка политичкој географији.
На познатом светском универзитету Цвијић је држао предавања у оквиру предмета eтнографија балканских земља и то у периоду од 1917. до 1919. године. Из ових његових предавања настала је и веома значајна монографија „Балканско полуострво. Друштвена географија“, објављена на француском језику, 1918. године у Паризу. Превод књиге на српски језик урадио је Боривоје Дробњаковић, тадашњи кустос Етнографског музеја у Београду. Цвијић је превод искористио као полазну основу, затим га допунио и објавио 1922. године под називом „Балканско полуострво и јужнословенске земље“. У улози предавача на париском универзитету Цвијић се нашао и по други пут, 1925. године, када је држао наставу из предмета физичка географија. Осим педагошког рада, Цвијић је у француској престоници боравио и приликом учествовања на Међународној конференцији за израду светске карте у размери 1:1 000 000, као и приликом учествовања на другим научним скуповима. Такође, учествовао је и као члан експертске групе делегације Краљевине Срба, Хрвата и Словенаца на Мировној конферецији, одржаној у Паризу, након Првог светског рата. Веома цењени и корисни резултати у педагошком и научном раду допринели су да Универзитет Сорбона награди Цвијића инсигнијама почасног доктората (медаља, диполома и знак одличја), 29. новембра 1924. године. Тако се славни српски научник нашао у реду са Албертом Ајнштајном, Радјардом Киплингом и Вудро Вилсоном, такође, добитницима овог цењеног признања.
Чланства у географским и другим друштвима:
- Председник академског певачког друштва „Обилић“ у Београду (9. јануара 1894. године);
- Дописни члан Краљевско угарског географског друштва у Пешти (14. марта 1897. године);
- Дописни члан Географског друштва у Женеви, у Швајцарској (1898. године);
- Дописни члан Природњачког друштва за испитивање источних земаља у Бечу, у Аустрији (1898. године);
- Дописни члан Белгијског географског друштва (1899. године);
- Почасни члан Географског друштва Универзитета у Бечу, у Аустрији (1901. године);
- Почасни члан Матице српске у Новом Саду (12. септембра 1901. године);
- Дописни члан Руског географског друштва (28. јануара 1903. године);
- Почасни члан Румунског географског друштва у Букурешту (17. фебруара 1903. године);
- Дописни члан Етнографско чехословачког друштва у Прагу (14. марта 1903. године);
- Допински члан Географског друштва у Минхену, у Немачкој (23. априла 1903. године);
- Почасни члан Костајничког читаоничког друштва у Костајнику, у Крупњу (25. јануара 1904. године);
- Почасни члан Краљевског географског друштва у Лондону, у Великој Британији (10. априла 1906. године);
- Дописни члан Географског друштва у Бечу (1906. године);
- Почасни члан Српско академског друштва „Зора“ у Бечу, у аустрији (7. јуна 1907. године);
- Почасни члан Атинско филолошко политичког ученог друштва „Парнас“ у Грчкој (17. септембра 1907. године);
- Дописни члан Географског друштва у Берлину, у Немачкој (1908. године);
- Редовни члан Геолошког друштва у Бечу, у Аустрији (13. децембра 1908. године);
- Почасни члан Друштва ветерана отаџбинских битака у Перзичету, у Италији (17. децембра 1908. године);
- Председник Српског географског друштва у Београду (7. априла 1910. године);
- Почасни члан Нешателског географског друштва, у Швајцарској (20. јануара 1916. године);
- Почасни члан Друштва природних наука у Нешателу, у Швајцарској (15. децембра 1916. године);
- Редовни члан Соцолошког друштва у Паризу, у Француској (11. јуна 1919. године);
- Дописни члан Географског друштва у Минхену, у Немачкој (23. априла 1903. године);
- Почасни члан Холандског географског друштва у Амстердаму (2. јуна 1923. године);
- Почасни председник Првог конгреса словенских географа и етнографа, одржаног у Прагу, у Чешкој (од 4. до 8. јуна 1924. године);
- Почасни члан Географског друштва у Бечу (1926. године).
Међу научним скуповима, организованим од стране различитих европских географских друштава, а у којима је Јован Цвијић учествовао издваја се Први конгрес словенских географа и етнографа, који је организован у Прагу 1924. године, под покровитељством председника Чехословачке републике, Томаша Масарика. Идеју за организовање ове врсте конгреса предложио је сам Цвијић десет година раније, приликом учешћа на Петом конгресу чешких природњака и лекара. Циљ организовања Првог конгреса словенских географа и етнографа био је презентовање најзначајнијих резултата, постигнутих у раду на проучавању словенских земаља и народа. Представници Краљевине Срба, Хрвата и Словенаца, поред Јована Цвијића, били су Недељко Кошанин (професор ботанике) и Павле Вујевић (професор метеорологије и климатологије), такође професори на Универзитету у Београду, Војислав Радовановић, асистент Географског института Универзитета у Београду, затим Петар Јовановић, доцент географије на Универзитету у Скопљу, Боривоје Дробњаковић, кустос Етнографског музеја у Београду, Светозар Томић, дирекотор гимназије у Београду и Емило Цветић, професор гимназије у Београду. На овом Kонгресу Цвијић је излагао рад на тему „Тектонске и геоморфолошке особине Балканског полуострва и јужнословенских земаља“. Присутни научници указали су му почаст тиме што су га прогласили почасним председником Конгреса. Поред научних сесија, програм Конгреса садржао је и културно-уметнички део, те су учесници имали прилике да присуствују концерту чешке музике и представи „Продана невеста“, чешког композитора Беджиха Сметане. Након овог Конгреса, словенски географи и етнографи су се окупили још три пута до Другог светског рата, 1927, 1930. и 1936. године. У 2024. години обновљена је традиција окупљања словенских географа и етнографа, када је одржан Пети конгрес словенских географа и етнографа у Београду.
Поједина од наведних Цвијићевих признања данас се налазе у збирци Музеја Јована Цвијића, који се налази у саставу Музеја града Београда.
Јован Цвијић је био творац наше савремене географске науке и у циљу да се нове генерације истраживача подстакну на даљи рад по угледу на славног српског научника, приликом обележавања двадесет пет година рада Српског географског друштва, 1935. године, донета је Одлука да се као признање установи Медаља која носи Цвијићево име и која ће се додељивати као највише признање за допринос науци и настави географије, као и институционалним активностима које доприносе развоју и популаризацији географије. Медаљу је израдио сликар Емануел Муановић према нацрту Драгутина Дерока, тадашњег потпредседника Српског географског друштва. На лицу медаље је препознатљив лик Јована Цвијића из зрелих година уз натпис „Медаља Јована Цвијића“, док је на наличју представљен глобус уоквирен натписом на француском језику „Societe de Geographie Belgrade“, a изнад глобуса је исписано „Основано 1910. године Српско географско друштво“. Међу добитницима ове медаље су Цвијићев професор на Бечком универзитету, Албрехт Пенк, као и Цвијићеви сарадници и признати научници, Емануел де Мартон (Француска), Лисијен Галоа (Француска), Ајзаја Боумен (Сједињене америчке државе). Међу институцијама, носиоцима Mедаље Јован Цвијић су: Географска друштва Француске и Словеније, Војногеографски институт у Београду, Земаљски музеј у Сарајеву, Географски факултет Универзитета у Београду, Географски институт „Jован Цвијић“ Српске академије наука и уметности и Центар за културу „Вук Караџић“ у Лозници.